皇历2010年，位于东亚的中立国日本被神圣不列颠帝国征服，成为了不列颠的“十一区”。
七年之后，一个名为的“Zero”恐怖分子出现在了公众面前，并组织了号称要制裁世界的极端恐怖组织——黑色骑士团。
之后由于十一区副总督处理问题失当，让心怀不轨的编号者以此为借口发动了叛乱。而Zero又以领导者的姿态，整合了所有反叛势力，向不列颠帝国发起决战。然而，战争以黑色骑士团的失败和Zero死亡载入史册……
皇历2018年。
作为十一区有名的阿什福德学园，一年前这里也被叛乱波及到了，而且一度还让叛乱军当作据点使用。不过现在已经完全看不到战争的痕迹，再加上亲身经历过叛乱的人也大都回到不列颠本土，一切都像是从没发生过一样。
教职员办公室里，维雷塔正埋头整理着考勤表，但很快她就有些不耐烦的停下手头的工作。
“每天都要搞这些东西！”维雷塔靠着椅子后背，按起发昏的额头。再想到地下监控室里那个男爵“同事”，她就是一肚子火。同样都是男爵，那家伙每天都优哉游哉的在地下监控室里，泡茶，吹牛。
可自己却要去和那些学生打交道，而且还都些不让人省心的学生！整天就会跟着那个学生会长胡闹！还有，同样都是男爵！那混蛋昨天竟在小组会议中对自己指手画脚的！世袭爵位就了不起吗！
维雷塔想了想又无奈的捡起被拿桌上的笔，重新统计起考勤率。当整理到一个旷自己课最多的人时，维雷塔表情变得凝重起来。
“鲁鲁修·兰佩鲁基……”
谁又能想到这个少年就是一年前那场叛乱的策划者——Zero。而且还拥有那双可怕的恶魔之眼……
维雷塔想到这，随手拿起桌子上的报纸，报纸的头条就是用大大的黑体字印着的《不列颠外交部再次要求中华联邦驱逐在九州地区的黑色骑士团残党》。
一年前，在黑色叛乱被镇压的前夕，一名黑色骑士团的干部临时接替了指挥。并且在战争还没有结束的时候，完全不顾前线的同伴，带着少数人偷偷的逃了。当时不列颠军也没工夫没去管这些仓皇逃窜的小虾米，所以这帮人顺利逃出去了，被一直在公海观望的中华联邦海军以撤侨的借口接应到了九州岛。
不列颠起初认为这没什么大不了，只要首犯Zero一死，这帮流亡分子马上就会自己瓦解。
可结果却出乎意料，这帮恶徒并没有因为Zero的死亡消息而作鸟兽散，反而“打着为Zero报仇”的旗号，以九州为基地，在中华联邦和EU的暗中支援下，骚扰起不列颠的其他编号区。
由于十一区在上次黑色叛乱之后，成为了重兵云集的编号区。因此这帮无耻之徒，自然不敢往铁板上撞，所以他们就开始骚扰起兵力薄弱的中东地区，跟那里的恐怖分子如漆似胶的搅合在一起。等不列颠军调整战略部署，力量开始向中东地区倾斜时，他们又出现在南洋热带雨林内，跟那里的土著游击队又成了亲密战友。
简直就像是只苍蝇在眼前乱转，虽然造不成什么威胁，但胜在惹人厌！这帮“流窜犯”的目的似乎只为了增加国际知名度？如果他们目的真是如此，那么他们做到了，现在连北非战线的不列颠军指挥官就在一次讲话上说，他那里的反叛者也开始借着黑色骑士团的大旗给自己壮胆了。
由于不列颠的官方，在媒体发布会上一再的强调“黑色骑士团已经被肃清，这群乱窜的部队只是最后的残余”，这样的言论说多了，媒体界就统一给了这支部队一个名字——“最后的大队”。随着叫的人越来越多，到了现在“最后的大队”已经成了这支队伍的代号了。
至于这支队伍的指挥官，不列颠也透过俘虏的口供，查出了一些资料。首先这个指挥官是中华联邦人，光是这个就够让不列颠疑神疑鬼了。随着调查的不断深入，什么“仅次黑骑王牌的NO.2”“两次力挫不列颠魔女柯内莉亚的精英”“多次提出极富先见的建议，智勇双全的王牌”这些消息也都翻出来了。
这无疑让不列颠惊讶了那么一下，没想到黑色骑士团还有这等人物。不过这么一个人物竟然会在上次叛乱的时候率先逃跑，真称得上大勇若怯呀。
既然是“最后的大队”的指挥官，那么自然也就成了媒体口中“大队长”了。关于“大队长”的影像资料很少，相比于出镜率极高的Zero，“大队长”低调的几乎没有在公众媒体上露过面，唯一的影像只有……
维雷塔看着报纸上印着一张照片，该照片是一年前黑色叛乱的前夕，Zero在特区会场誓师的时候所拍下的。当时的主角Zero意气风发的演讲着，在他的身后站着京都六家的代表和黑色骑士团的干部，在不显眼的角落里一个被照的有些模糊的人脸上被画了一个红圈，下面注释着这个人便是现在声名显赫的“大队长”阁下。
如果是细心的人，就会发现大队长阁下的当时表情很怪，跟旁边那些神情狂热的人相比，他未免太过“冷静”了，而且一副心神不定的样子，看向Zero的眼神很耐人寻味……
维雷塔神色复杂的看着这个被不列颠称为大队长的人，心里不由念出了这个人的名字，“卢森保……”
……
九州福冈军事基地外，身穿黑色骑士团制服的辉夜竹曲站在海岸边，瞭望着本州的方向，每次执行任务回来他都会做这样的举动。
一年前，黑色革命失败前夕，现在的代理总指挥密令撤退。辉夜竹曲马上认为这是彻头彻尾的懦夫行为，革命既然失败那么就该坦然面对，而不是逃命流亡。当时很多人都是这样的想法，可是代理总指挥却坚持，“只有活着才能办到更多的事……”
或许是他们心有不甘，或许是他们从心底里还是不愿死。总之最后的结果是，流亡到了由中华联邦控制下的九州。
仔细想起刚刚狼狈的逃到九州时候，这里的日本人都用鄙夷的眼光，看着自己这些惊魂未定的丧家之犬，在背后指指点点的说什么“逃兵”“败北主义者”“抛弃同伴的胆小鬼”。这种侮辱让他差点受不了去自杀。
可是事到如今在去自杀那就是真真正正的懦夫了……
“喂，辉夜！大队长让全体集合了。”
辉夜竹曲一转身，一个同样穿着黑色团服的少年正一脸嬉笑看着自己。秋元里奈，这家伙给辉夜感觉简直是没心没肺似的，在所有人都是背负着内疚和羞耻的心态努力的活着，可是他像是什么事也没发生一样，整天依旧嘻嘻哈哈。
“是代理总指挥。”辉夜很是无奈的纠正道。“最后的大队”是外界对他们的称呼，现在团内的一些人也开始以这个自嘲了。
一提到那位大队长，辉夜的表情就阴沉起来。一年前就是这个贪生怕死的人把自己这些人领入了这种求生不得，求死不能的境地。而且这无耻之徒在Zero还生死不明的情况下，竟然自封为“黑色骑士团代理总指挥”……
当辉夜跟着秋元里奈来到了集合地点，这里已经站满了穿着黑色团服的人，这便是“最后的大队”的全员了。等各小队长整理好队伍后，一个身穿与普通团服有些不同的人出现在了台上，这便是“大队长”阁下了。
大队长一言不发的看向场下，似乎想每个人都好好的看一遍，最终意义不明的笑了笑，这种笑容很让人不舒服。大队长终于开口了；“诸君，还记得一年前的黑色革命吗？”
这话一出场下所有人脸色都是一变，“黑色革命”对于他们这些人来说是一个不能提的禁忌字眼，众人这一年来都是有意无意的回避着，然后通过不断的战斗试图麻木自己。不知不觉间，他们的足迹已经遍布不列颠的其他编号区，他们也从最初的凭着一腔热血闹革命的编号者，成了各编号区传颂的英雄。尽管每次行动过后，都会有一些人在也没出现过，但他们反而觉得这是一种解脱……
可现在内心深处最脆弱的东西被揪了出来，无疑让他们有些无法接受。
而这时，大队长继续说道，“在那一天如同丧家犬一般的仓皇逃窜，像臭虫一样被追得满地乱爬。理想，同伴，甚至是尊严，都被抛的一干二净，一切都为了自己的苟延残喘。
完全不顾前线还在浴血拼杀的同伴，偷偷的溜走了。这算是什么呢……”
听着越来过分的话，场下的人心底不禁抵触起来，接着便是自我辩解，辩解自己虽然不对，但也不应该被说的跟千古罪人一般……
“那么我们还要活着干什么！”“大队长”一摆手大声道，“不如大家现在都自杀好了！”
这话一出，下面有人忍不住要开口说什么，可“大队长”没有给他们说话的机会，接着大声说道，“我知道你们想说“现在自杀是完全没有意义的”！对！
没错！表面上是我们是靠着欺骗同伴，踩着同伴的尸体才能站在这里！可事实上是我们是黑色骑士团的火种！是黑色骑士团未来的希望所在！
当时情况大家也都清楚！与其一起死，倒不如选择让一部分人逃脱！我们既然作为那幸运的一部分人，那么我们就更该珍惜自己的生命！
因为从那刻起我们的生命已经不是自己的了！而是属于黑色骑士团！是属于这个等待被解放的世界！我们的使命便是完完全全！彻彻底底的打倒不列颠！就算死也要拉着整个不列颠一起下地狱……”
“歪理！”辉夜竹曲看着周围的人又炙热的起来的眼神低声骂道。可让人可笑的是自己也是用这样的“歪理”活到了现在。人在无解的现实下，需要给自己找一个堂皇的理由活着，找出理由之后就会的构建出自我正确，自我伟大的理念，并不断巩固加强这个理念。
“大队长”并没有给他们时间平复，而选择说出了这次集体大会的主题，“所以！我要带你们回去！回到这一切的开始地方，此刻的我们无所畏惧……”“大队长”说到这又突然提高音量的喊了起来，“正如我当初和诸君所约定的一样！”
听“大队长”一说，众人都回想起一年前的场景，被中华联邦海军接应到运输船的他们，被中华联邦的军人勒令交出武器，并且被强令坐在一小块地方不准有任何动作，能做的只有绝望的看着越来越远的故乡。
这时候大队长站在众人前面像是疯了一般,表情扭曲的大喊大叫道，“我一定会带你们回来的！”
当时都认为是安慰，可现在……感慨，激动种种情绪交织，台下的众人第一次发自内心的呼喊道；“代理总指挥！代理总指挥！”
而“大队长”俯视着台下狂热的人群，震耳的欢呼让他觉得浑身都轻飘飘的，看着那一双双热切的眼睛，更是让他感到自己是前所未有的高大。这样的欢呼是为自己！这样的眼神是期望着自己！
一年了！终于做到了！那么正如当初所说那样！一切才刚刚开始！